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含氮有機物在土壤微生物的作用下,首先分解成氨或銨鹽,稱為氨化階段。如果氧氣充足,在亞硝酸菌的作用下,氨就被氧化成亞硝酸鹽,并且進一步在硝酸菌的作用下氧化成硝酸鹽,這稱為硝化階段。如果氧氣不足,在厭氧條件下,就不能完成硝化階段。
含硫和磷的有機質(zhì),在氧氣充足的條件下可最終轉(zhuǎn)化為硫酸鹽或磷酸鹽而達到徹底無機化。在厭氧條件下則產(chǎn)生硫醇、硫化氫或磷化氫等惡臭物質(zhì),和含氮有機物產(chǎn)生的氨等一起以惡臭污染環(huán)境。
含碳有機物在氧氣充足的條件下最終被分解、氧化成二氧化碳和水,在厭氧條件下則產(chǎn)生甲烷。