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不同細胞因子之間的結構上有很大的差異，一般，多數細胞因子為小分子多肽，分子量不超過60kD，多由100個左右的氨基酸組成。不同細胞因子之間無明顯的氨基酸序列的同源性。

多數細胞因子以單體形式存在，少數因子如IL-5、IL-12、M-CSF、TGF-β等以雙體形式存在。

給大多數細胞因子帶有糖基，但這些糖基多與細胞因子的生物活性無關，可能起延長細胞因子體內半衰期的作用。