在中國(guó)古代，《神農(nóng)本草經(jīng)》把藥物按效用分為上、中、下三品?！渡褶r(nóng)本草經(jīng)集注》中除沿用三品分類(lèi)外，又創(chuàng)造了按藥物屬性分為草木部、果部、菜部、米谷部的方法?！侗静菥V目》中采用了自然屬性分類(lèi)法,將所收藥物分為16綱60類(lèi),并以生理生態(tài)條件為依據(jù)，將草類(lèi)藥分為山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、石草、苔類(lèi)等。這是中國(guó)古代最完備的分類(lèi)系統(tǒng)。

醫(yī)學(xué)上一般按藥物性能和藥理作用分類(lèi)，中醫(yī)學(xué)常按藥物性能分為解表藥、清熱藥、祛風(fēng)濕藥、理氣藥、補(bǔ)虛藥等類(lèi)別；現(xiàn)代醫(yī)學(xué)常按藥理作用分為鎮(zhèn)靜藥、鎮(zhèn)痛藥、強(qiáng)心藥、抗癌藥等。藥用植物學(xué)按植物系統(tǒng)分類(lèi)，則可反映藥用植物的親緣關(guān)系，以利形態(tài)解剖和成分等方面的研究。中藥鑒定學(xué)、藥用植物栽培學(xué)常按藥用部分分類(lèi)，分為根、根莖、皮、葉、花、果實(shí)、種子、全草等類(lèi)，便于藥材特征的鑒別和掌握其栽培特點(diǎn)。