藥物化學(xué)的研究任務(wù)包括通過藥物分子設(shè)計(jì)（Molecular drug design）或?qū)哂幸欢ㄉ锘钚缘幕衔锓蛛x、鑒定或結(jié)構(gòu)改造，總結(jié)構(gòu)效關(guān)系，創(chuàng)制可用于臨床的藥物，發(fā)展新藥；通過研究藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)與理化性質(zhì)的關(guān)系，闡明藥物的理化性質(zhì)及化學(xué)穩(wěn)定性，為藥物的劑型設(shè)計(jì)、鑒別方法、雜質(zhì)檢查、含量測定及貯存保管提供理論基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)；通過研究藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)與生物活性間的關(guān)系（構(gòu)效關(guān)系Structure-activity relationships），在分子水平上討論構(gòu)效關(guān)系，能更深入的闡明藥物的作用機(jī)理、藥物在體內(nèi)代謝過程中產(chǎn)生毒副作用的本質(zhì)，為指導(dǎo)臨床合理用藥提供理論基礎(chǔ)；通過對藥物合成路線的設(shè)計(jì)和改進(jìn)，為藥物生產(chǎn)提供先進(jìn)、合理的方法及工藝。