抗原的最大之一是其免疫效應具有特異性（specificity），這種特異性在其免疫原性和反應原性兩方面都表現得非常突出。例如傷寒桿菌誘導的免疫應答只能針對傷寒桿菌；志賀桿菌不能誘導出對傷寒桿菌的免疫力，與抗傷寒桿菌抗體也不發(fā)生反應。這就是傳統(tǒng)免疫學進行免疫預防和免疫診斷的基本依據。

抗原的特異性與蛋白分子中的氨基酸種類、排列順序、特殊基因和空間構形等因素有關，甚至與其電荷性質及親水性也有關系。但是其特異性不是平均地決定于整個分子，而是取決于分子表面幾個氨基酸殘基組成的特殊序列及其空間結構，稱為表位（epitope）或抗原決定簇（antigenicdeterminant）。正是這些表位被淋巴細胞識別而誘導免疫應答，被抗體分子識別而發(fā)生抗原－抗體反應，這是研究抗原特異性的基礎。