熒光抗體在使用前應加以鑒定。鑒定指標記包括效價及熒光素與蛋白質的結合比率。抗體效價可以用瓊脂雙擴散法進行滴定，效價大于1：16者較為理想。熒光素與蛋白質結合比率（F/P）的測定和計算的基本方法是：將制備的熒光抗體稀釋至A₂₈₀1≈1.0，分別測讀A₂₈₀ （蛋白質特異吸收峰）和標記熒光素的特異吸收峰，按公式計算。

　　F/P值越高，說明抗體分子上結合的熒光素越多，反之則越少。一般用于固定標本的熒光抗體以F/P=1.5為宜，用于活細胞染色的以F/P=2.4為宜。

　　抗體工作濃度的確定方法類似ELISA間接法中酶標抗體的滴定。將熒光抗體自1：4～1：256倍比稀釋，對切片標本作熒光抗體染色。以能清晰顯示特異熒光、且非特異染色弱的最高稀釋度為熒光抗體工作濃度。

　　熒光抗體的保存應注意防止抗體失活和防止熒光猝滅。最好小量分裝，-20℃凍存，這樣就可放置3～4年。在4℃中一般也可存放1～2年。