肛門(mén)粘膜由單層柱狀上皮組成（陰道粘膜由復(fù)層柱狀上皮組成），故肛交時(shí)陰莖和肛門(mén)粘膜劇烈而頻繁地摩擦，極易造成損傷，從而使精液及前列腺液中的HIV通過(guò)損傷處進(jìn)入被插入者的血液，因此肛交被看作是HIV感染最高危的性活動(dòng)。如同陰莖——陰道性交和陰莖——口腔性交一樣，性伴接受的一方具有感染HIV更大的危險(xiǎn)性，如上所述，男性同性戀者高的肛交頻率將其置于最易于感染HIV的境地。然而，肛交在異性戀者中也經(jīng)常進(jìn)行。1991年的研究報(bào)告，指出我國(guó)城市夫妻中7%認(rèn)可肛交行為，13%的夫妻認(rèn)可肛交。另外，肛交經(jīng)常是某些國(guó)家醫(yī)學(xué)教`育網(wǎng)搜集整理（如巴西和墨西哥）為了保持女性童貞，同時(shí)避免懷孕而采用的重要手段之一。在這些國(guó)家，肛交的這些功能導(dǎo)致了危險(xiǎn)性行為的增加，因?yàn)閷?duì)青年人而言，和AIDS相比，他們更加關(guān)心懷孕。