引起手足口病的病原體主要為小RNA病毒科、腸道病毒屬的柯薩奇病毒（Coxsackievirus）A組16、4、5、7、9、10型，B組2、5型；埃可病毒（ECHOviruses）和腸道病毒71型（EV71）。其中以EV71及CoxAl6型最為常見。

　　腸道病毒適合在濕、熱的環(huán)境下生存與傳播，對乙醚、去氯膽酸鹽等不敏感，75%酒精和5%來蘇亦不能將其滅活，但對紫外線及干燥敏感。各種氧化劑（高錳酸鉀、漂白粉等）、甲醛、碘酒都能滅活病毒。病毒在50℃可被迅速滅活，但1mol濃度二價陽離子環(huán)境可提高病毒對熱滅活的抵抗力醫(yī)學(xué)教育`網(wǎng)搜集整理，病毒在4℃可存活1年，在-20℃可長期保存，在外環(huán)境中病毒可長期存活。