醫(yī)學教育網(wǎng)整理了濟寧醫(yī)學院院系專業(yè)如下：

截至2013年6月，學校有臨床學院、基礎(chǔ)學院、公共衛(wèi)生學院、精神衛(wèi)生學院、護理學院、醫(yī)學信息工程學院、藥學院、醫(yī)學教育網(wǎng)搜集|整理管理學院、法醫(yī)學與醫(yī)學檢驗學院、口腔醫(yī)學系、醫(yī)學影像系、生物科學系、社會科學部、外國語教學部、繼續(xù)教育學院15個教學院系部，開設(shè)臨床醫(yī)學、臨床醫(yī)學（精神病與精神衛(wèi)生方向）、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、康復治療學、法醫(yī)學、預防醫(yī)學、食品質(zhì)量與安全、護理學、醫(yī)學檢驗、口腔醫(yī)學、醫(yī)學影像學、應(yīng)用心理學、生物技術(shù)、生物工程、藥學、中藥學、藥物制劑、計算機科學與技術(shù)、信息管理與信息系統(tǒng)、生物醫(yī)學工程、醫(yī)學信息工程、軟件外包、物聯(lián)網(wǎng)工程、軟件開發(fā)（與惠普共建）、軟件測試（與惠普共建）、市場營銷、公共事業(yè)管理、勞動與社會保障、英語等35個本科專業(yè)和專業(yè)方向。