南京中醫(yī)藥大學(xué)第一臨床醫(yī)學(xué)院原名南京中醫(yī)學(xué)院中醫(yī)系，成立于1958年，1984年由原中醫(yī)系中醫(yī)臨床部分和原西基部西醫(yī)臨床部分重組成新的中醫(yī)系。1995年更名為南京中醫(yī)藥大學(xué)第一臨床醫(yī)學(xué)院，2001年將原中醫(yī)研究院急難癥研究室并入，又稱為臨床醫(yī)學(xué)研究所。

長期以來，在校黨政領(lǐng)導(dǎo)的領(lǐng)導(dǎo)下，在全體教職工的共同努力下，學(xué)院得到了長足的發(fā)展。第一臨床醫(yī)學(xué)院現(xiàn)設(shè)有中醫(yī)內(nèi)科學(xué)教研室（中醫(yī)內(nèi)科學(xué)研究所）、中醫(yī)急難癥研究所（內(nèi)科難治病瘀熱病機重點研究室）、中醫(yī)外科學(xué)教研室（中醫(yī)皮膚病學(xué)、中醫(yī)肛腸病學(xué)、男科學(xué)研究所）、中醫(yī)婦科學(xué)教研室、中醫(yī)兒科學(xué)教研室（中醫(yī)兒科學(xué)研究所）、中醫(yī)骨傷科學(xué)教研室（中醫(yī)骨傷科學(xué)研究所）、中醫(yī)眼科學(xué)教研室、中醫(yī)耳鼻喉科學(xué)教研室、外科學(xué)教研室、內(nèi)科學(xué)教研室（中西醫(yī)結(jié)合臨床研究室）、診斷學(xué)教研室、醫(yī)學(xué)影像學(xué)教研室、全科醫(yī)學(xué)教研室、教學(xué)實驗中心（大學(xué)生急救訓(xùn)練中心）、臨床醫(yī)學(xué)實驗研究中心共15個教研室和研究所、中心，并有1個為教學(xué)、科研服務(wù)的百草堂中醫(yī)門診部。除此之外還有中醫(yī)藥抗腫瘤研究所掛靠于中醫(yī)內(nèi)科學(xué)教研室，周仲瑛名醫(yī)工作室掛靠于中醫(yī)急難癥研究所。