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南京中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院是學校最大的一個教學科研機構，由中醫(yī)基礎學科、現(xiàn)代醫(yī)學基礎學科及部分公共基礎學科組成。全院共設10個教學科研單位，其中包括正常人體形態(tài)與功能學系、人體疾病學與預防醫(yī)學系、醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理生物與生化學系、中醫(yī)基礎學系、中醫(yī)方藥學系、中醫(yī)臨床基礎學系、中醫(yī)醫(yī)史文獻學系、數(shù)理學系8個學系，1個教學實驗管理中心和1個中醫(yī)藥文獻研究所。另外，還設有醫(yī)史博物館和南京中醫(yī)藥大學門診部。
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