溫州醫(yī)科大藥學(xué)院設(shè)有藥學(xué)系、中藥學(xué)系、生物制藥系、臨床藥學(xué)系、實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心和執(zhí)業(yè)藥師培訓(xùn)與繼續(xù)教育中心。現(xiàn)有4個(gè)本科專業(yè)：藥學(xué)、中藥學(xué)、制藥工程、臨床藥學(xué)。目前具有在校生約1000人（不含獨(dú)立學(xué)院——溫州醫(yī)科大學(xué)仁濟(jì)學(xué)院藥學(xué)系），其中博士研究生3人，碩士研究生180余人，本科生750余人，藥學(xué)自考生50余人。學(xué)院已形成從自考、本科到碩士、博士等多層次較完善的藥學(xué)教學(xué)體系。

醫(yī)科大藥學(xué)院共有教師95人，其中正高11人，副高20人，博士59人，博士生導(dǎo)師8人，碩士生導(dǎo)師42人。擁有國(guó)家高層次人才特殊支持計(jì)劃教學(xué)名師1人、“長(zhǎng)江學(xué)者”特聘教授1人、“國(guó)家”1人、教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才1人、“新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程”國(guó)家級(jí)人選1人、國(guó)務(wù)院特殊津貼獲得者 1人、國(guó)家教學(xué)指導(dǎo)委員會(huì)委員2人；浙江省教學(xué)名師2人、浙江省教壇新秀2人、浙江省高校優(yōu)秀教師1人、浙江省有突出貢獻(xiàn)中青年專家1人、“錢江學(xué)者”1人、浙江省特聘教授1人、浙江省教學(xué)指導(dǎo)委員會(huì)委員2人、浙江省“”8人、及浙江省“151”和溫州市“551”一二層次人選、省中青年學(xué)科帶頭人和浙江省衛(wèi)生高層次創(chuàng)新人才等20余人。近幾年學(xué)院大力引進(jìn)高水平師資，常年聘請(qǐng)國(guó)內(nèi)外藥學(xué)知名專家組成專家咨詢委員會(huì)，已形成一支結(jié)構(gòu)合理、水平較高的人才隊(duì)伍。