沈陽藥科大學中藥學院始建于1985年，其前身是沈陽藥學院中藥系。學院現(xiàn)設有天然藥化系和中藥系。天然藥化系下設天然藥化教研室、食品藥學教研室；中藥系下設生藥教研室、中藥分析鑒定教研室、藥用植物教研室。學院還設有學生實驗中心、中藥標本館、藥用植物園、福立公司共建分析示范實驗室。

學院擁有國家中醫(yī)藥管理局中藥化學和中藥質量控制兩個三級實驗室，遼寧省中藥現(xiàn)代化工程技術研究中心，遼寧省創(chuàng)新藥物研究與設計重點實驗室，中藥資源研究與開發(fā)重點實驗室，遼寧省天然藥物提取分離與工業(yè)制備工程技術中心醫(yī)學|教育網搜集整理。還有沈陽藥科大學與日本北海道藥科大學共建的中成藥分析研究室、沈陽藥科大學與韓國東亞大學共建的中韓分子生藥學研究室。