溫州醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院創(chuàng)辦于2001年。同年9月開始招收藥學(xué)專業(yè)本科生；2004年招收中藥專業(yè)本科學(xué)生；2008年開始招收制藥工程專業(yè)本科學(xué)生。

擁有藥學(xué)和中藥學(xué)一級學(xué)科碩士點、中藥學(xué)專業(yè)學(xué)位碩士點、二級學(xué)科博士點。2003年成立溫州醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)課（分析測試）實驗教學(xué)示范中心，并在2007年被評為浙江省實驗教學(xué)示范中心，2010年藥學(xué)實驗教學(xué)中心被評為浙江省實驗教學(xué)示范中心。2005年建立國家新藥開發(fā)工程技術(shù)研究中心制劑工程研究基地。2006年分別建立基因工程藥物國家工程研究中心中試研究基地、教育部生物反應(yīng)器與藥物開發(fā)工程研究中心中試實驗室、浙江省浙南特色中藥重點實驗室；承擔(dān)中國醫(yī)藥質(zhì)量管理協(xié)會GAP工作委員會的工作；2007年成立浙江省生物技術(shù)制藥工程重點實驗室。2008年藥理學(xué)與生化藥學(xué)被列為浙江省“重中之重”學(xué)科，中藥學(xué)學(xué)科被評為溫州市重點學(xué)科。醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理三年來，榮獲國家技術(shù)發(fā)明二等獎1項、國家科技進(jìn)步二等獎1項、中華醫(yī)學(xué)科技一等獎1項、中國藥學(xué)會科技一等獎1項、吳階平醫(yī)學(xué)研究獎-保羅楊森藥學(xué)研究獎二等獎1項。