南京中醫(yī)藥大學藥學院是國家最早建立的高等中藥教育院（系）之一，在國內享有較高的知名度，在國外亦具有一定影響。藥學院的前身為中藥系，1995年更名為中藥學院，2000年更名為藥學院，現(xiàn)任院長為吳皓院長。

藥學院經(jīng)過48年的建設和發(fā)展，藥學教育取得了較大的發(fā)展，現(xiàn)為中國自然資源學會藥用資源專業(yè)委員會、江蘇省中醫(yī)藥學會藥學分會和江蘇省方劑研究重點實驗室掛靠單位。設有中藥學、藥學、藥理學和藥物化學四個系，內含基礎化學、藥物分析、藥物化學、藥理學、中藥資源學、中藥鑒定學、中藥炮制學、藥劑學、藥事管理學、制藥工程學、生物制藥學、臨床藥學等十二個教研室和一個藥學（化學）省級實驗教學示范中心，同時還設有藥物研究所、新藥研究開發(fā)中心、儀器測試中心及中藥標本館醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理。藥學院現(xiàn)設有五個本科專業(yè)（中藥學、藥學、制藥工程、藥物制劑、中藥資源與開發(fā)）和五個本科專業(yè)方向（中藥藥理學、臨床藥學、食品與藥品檢測、生物制藥、中藥制藥），其中中藥學學科為國家重點學科，國家教育部一類特色專業(yè)建設點，中藥制藥學學科為國家中醫(yī)藥管理局重點學科，中藥炮制學為江蘇省精品課程。