南京工業(yè)大學(xué)生物與制藥工程學(xué)院（簡稱“生工學(xué)院”）是國家生化工程技術(shù)研究中心和江蘇省工業(yè)生物技術(shù)創(chuàng)新中心的依托單位，是國家材料化學(xué)重點實驗室和國家級生物化學(xué)工程實驗教學(xué)示范中心的共建單位。擁有化學(xué)工程與技術(shù)博士后流動站；設(shè)有五個博士學(xué)位授權(quán)點、五個碩士學(xué)位授權(quán)點和三個工程領(lǐng)域工程碩士學(xué)位授權(quán)點。生物化工學(xué)科是國家重點學(xué)科；發(fā)酵工程是江蘇省重點學(xué)科；工業(yè)生物技術(shù)與醫(yī)藥制造入選江蘇高校優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)工程項目。生物化工專業(yè)是江蘇省品牌專業(yè)和國家級特色專業(yè)；制藥工程專業(yè)是江蘇省品牌專業(yè)和教育部首批“卓越工程師培育計劃”試點專業(yè)；設(shè)有國際微生物能源研究所、醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理生物資源工程研究所、生物能源與生物環(huán)保工程研究所、生物醫(yī)藥工程研究所、生物物理與化學(xué)合成研究所等科研機(jī)構(gòu)。學(xué)院低碳能源實驗室和生物基材料實驗室的工作受到了溫家寶總理的視察和肯定。