上海中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)科建設(shè)：

截止2013年11月，學(xué)校建有國家重點學(xué)科4個，國家重點學(xué)科（培育）2個，國家重點學(xué)科數(shù)居全國中醫(yī)院校第二、上海地方高校之首。有中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)3個一級學(xué)科博士點，15個二級學(xué)科博士點，23個碩士點，3個博士后流動站，博士學(xué)位授予專業(yè)覆蓋全部中醫(yī)藥學(xué)科醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理。在2010年的全國博士后流動站評估中，中藥學(xué)科被評為全國唯一的中藥一級學(xué)科“優(yōu)秀”流動站。有38個中管局重點學(xué)科，9個上海市重點學(xué)科（上海高校學(xué)科），5個上海市教委重點學(xué)科。

2012年教育部學(xué)科評估，學(xué)校中藥學(xué)一級學(xué)科排名全國第一，中醫(yī)學(xué)一級學(xué)科排名全國第二，中西醫(yī)結(jié)合一級學(xué)科排名全國第三。

一級學(xué)科博士點（3個）：中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)。

博士后流動站（3個）：中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)。

國家重點學(xué)科（4個）：中醫(yī)外科、中藥學(xué)、中醫(yī)內(nèi)科、中醫(yī)骨傷科學(xué)。

國家重點學(xué)科（培育）（2個）：中醫(yī)醫(yī)史文獻學(xué)、針灸推拿學(xué)。

國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥重點學(xué)科（38個）：藥用植物學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)各家學(xué)說、中醫(yī)藥工程學(xué)、中醫(yī)肝膽病學(xué)、中醫(yī)傳染病學(xué)、中醫(yī)腎病學(xué)、中醫(yī)腫瘤病學(xué)、中醫(yī)肛腸病學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床（岳陽）、針灸學(xué)、推拿學(xué)、古漢語與醫(yī)古文、內(nèi)經(jīng)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)、中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)復(fù)雜科學(xué)、中醫(yī)史學(xué)、中醫(yī)文化學(xué)、中醫(yī)文獻學(xué)、中醫(yī)痹病學(xué)、中醫(yī)瘡瘍病學(xué)、中醫(yī)護理學(xué)（龍華）、中醫(yī)急診學(xué)、中醫(yī)乳腺病學(xué)、中醫(yī)養(yǎng)生學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床（普陀）、中醫(yī)全科醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床（曙光）、中醫(yī)護理學(xué)（曙光）、中醫(yī)藥信息學(xué)、中醫(yī)“治未病”學(xué)、中醫(yī)康復(fù)學(xué)、中醫(yī)皮膚病學(xué)、中醫(yī)血液病學(xué)、中醫(yī)兒科學(xué)、中醫(yī)神志病學(xué)。

上海市重點學(xué)科（9個）：中醫(yī)婦科學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)系統(tǒng)實驗方劑學(xué)、中醫(yī)醫(yī)史文獻、中藥學(xué)、針灸推拿學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)、中醫(yī)外科學(xué)、中醫(yī)內(nèi)科學(xué)。

上海高校學(xué)科（4個）：中藥學(xué)、科學(xué)技術(shù)史、中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合。

上海市教委重點學(xué)科（5個）：中藥臨床藥理學(xué)、中藥藥劑學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)脾胃病學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)。