懷疑急性感染性心內膜炎的患者應入院進一步診斷和治療。由于亞急性感染性心內膜炎的初期表現(xiàn)常不明確，因此在作出診斷之前，感染可能已造成瓣膜的損害或擴散到其他部位。不治療的亞急性感染性心內膜炎與急性感染性心內膜炎一樣是致命的。

根據癥狀，尤其是癥狀發(fā)生在有易感傾向的個體時就可能懷疑存在感染性心內膜炎。超聲心動圖檢查能發(fā)現(xiàn)贅生物和瓣膜損害。通過血液培養(yǎng)可以確定致病菌的種類。由于細菌是間歇性釋放入血，因此應在不同時間分次采血進行血液培養(yǎng)以獲得更高的診斷率。培養(yǎng)出來的細菌可用各種抗生素進行藥物敏感實驗以選擇最有效的藥物。

有時細菌不能被培養(yǎng)出來。因為某些特殊的細菌需要專門的培養(yǎng)技術；另外，可能病人已使用了抗生素，盡管這些抗生素沒有治愈感染，但能減少細菌的數量，降低培養(yǎng)的成功率。另外一個可能的原因是該患者并沒有罹患心內膜炎，但患有癥狀與其相似的病癥，如心臟腫瘤等。