臨床診斷主要依靠流行病學資料、臨床表現(xiàn)和實驗室檢查的綜合分析，確診有賴于血清學和病源學檢查。

(一)流行病學資料 本病多見于7～9三個月內，南方稍早、北方稍遲。10歲以下兒童發(fā)病率最高。

(二)主要癥狀和體征 起病急、有高熱、頭痛、嘔吐、嗜睡等表現(xiàn)。重癥患者有昏迷、抽搐、吞咽困難、嗆咳和呼吸衰竭等癥狀。體征有腦膜刺激征、淺反射消失、深反射亢進、強直性癱瘓和陽性病反射等。

(三)實驗室檢查

1.血象 白細胞總數(shù)常在1萬～2萬/mm3，中性粒細胞在80%以上;在流行后其的少數(shù)輕型患者中，血象可在正常范圍內。

2.腦脊液 呈無色透明，壓力僅輕度增高，白細胞計數(shù)增加，在50～500/mm3，個別可高達1000/mm3以上。病初2～3天以中性粒細胞為主，以后則單核細胞增多。糖正常或偏高，蛋白質常輕度增高，氯化物正常。病初1～3天內，腦脊液檢查在少數(shù)病例可呈陰性。

3.病毒分離 病程1周內死亡病例腦組織中可分離到乙腦病毒，也可用免疫熒光(IFT)在腦組織中找到病毒抗原。從腦脊液或血清中不易分離到病毒。

4.血清學檢查

(1)補體結合試驗：陽性出現(xiàn)較晚，一般只用于回顧性診斷和當年隱性感染者的調查。

(2)中和試驗：特異性較高，但方法復雜，抗體可持續(xù)10多年，僅用于流行病學調查。

(3)血凝抑制試驗：抗體產(chǎn)生早，敏感性高、持續(xù)久，但特異性較差，有時出現(xiàn)假陽性?？捎糜谠\斷和流行病學調查。

(4)特異性IgM抗體測定：特異性IgM抗體在感染后4天即可出現(xiàn)，2～3周內達高峰，血或腦脊液中特異性IgM抗體在3周內陽性率達70%～90%，可作早期診斷，與血凝抑制試驗同時測定，符合率可達95%.

(5)特異性IgM抗體測定：恢復期抗體滴度比急性期有4倍以上升高者有診斷價值。

(6)單克隆抗體反向血凝抑制試驗：應用乙腦單克隆抗體致敏羊血球的反向被動血凝抑制試驗，陽性率為83%，方法簡便、快速，已有試劑盒商品供應，無需特殊設備。

5.Te-99MHMPAO(hexamythyl propyleneamine cxime)腦部單中子發(fā)射CT(specr)檢查 有人應用Te-99M HMPAO腦部單中子發(fā)射CT檢查兒童病毒性腦炎(包括乙腦)發(fā)現(xiàn)在急性病毒性腦炎中均有變化，其陽性結果比單用CT或MRI為高，且提供更明確的定位，表現(xiàn)為區(qū)域性腦血流量增加，急性期過后大多數(shù)病例區(qū)域性腦血流量恢復正常;在亞急性期該檢查出現(xiàn)正常結果常提示臨床預后良好，一年后無神經(jīng)系統(tǒng)缺陷。