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關(guān)于命門的位置，歷來有不少爭論，歸納起來有以下幾種。

1.左腎右命門說：腎有二枚，左腎為腎，右腎為命門之說，始自《難經(jīng)》。“腎兩者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門”（《難經(jīng)。三十六難》）。自此以后，晉。王叔和《脈經(jīng)》，宋。陳無擇《三因方》、嚴(yán)用和《濟(jì)生方》，明。李梃《醫(yī)學(xué)人門》等均遵此說。

2.兩腎總號(hào)命門說：明。虞摶否定左為腎右為命門之說，明確指出“兩腎總號(hào)為命門”，謂：“夫兩腎固為真元之根本，性命之所關(guān)，雖為水臟，而實(shí)為相火寓乎其中，愚意當(dāng)以兩腎總號(hào)命門”（《醫(yī)學(xué)正傳》）。明。張景岳認(rèn)為：“腎兩者，坎外之偶也；命門一者，坎中之奇也。以一統(tǒng)兩，兩而包一。是命門總乎兩腎，而兩腎皆屬于命門。故命門者，為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇”（《類經(jīng)附翼。求正錄》）。這一學(xué)說認(rèn)為兩腎俱為命門，并非在腎之外另有一個(gè)命門。

3.兩腎之間為命門說：以命門獨(dú)立于兩腎之外，位于兩腎之間，實(shí)以明。趙獻(xiàn)可為首倡。他根據(jù)《素問。刺禁論》“七節(jié)之旁，中有小心”，認(rèn)為“此處兩腎所寄，左邊一腎屬陰水，右邊一腎屬陽水，各開一寸五分，中間是命門所居之官，其右旁即相火也，其左旁即天一之真水也”（《醫(yī)貫》）。這種論點(diǎn)一直影響到清代，如陳修園《醫(yī)學(xué)三字經(jīng)》、林佩琴《類證治裁》、張路玉《本經(jīng)逢原》、黃宮繡《本草求真》等均宗此說。

4.命門為腎間動(dòng)氣說：此說雖然認(rèn)為兩腎中間為命門，但其間非水非火，而只是存在一種原氣發(fā)動(dòng)之機(jī)，同時(shí)又認(rèn)為命門并不是具有形質(zhì)的臟器。倡此說者首推明。孫一奎，他認(rèn)為：“命門乃兩腎中間之動(dòng)氣，非水非火，乃造化之樞紐，陰陽之根蒂，即先天之太極，五行以此而生，臟腑以繼而生。若謂屬水、屬火、屬臟、屬腑，乃是有形之物，則外當(dāng)有經(jīng)絡(luò)動(dòng)脈而形于診，《靈》《素》亦必著之于經(jīng)也”（《醫(yī)旨緒余》）。