安徽省衛(wèi)生廳內設機構：

辦公室、人事處、規(guī)劃財務處、政策法規(guī)處、衛(wèi)生應急處理辦公室（突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急指揮中心）、 疾病預防控制局（省愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室、省地方病防治領導小組辦公室）、農村衛(wèi)生管理處、婦幼保健與社區(qū)衛(wèi)生處、醫(yī)政與醫(yī)療服務監(jiān)管處、食品安全綜合協(xié)調與衛(wèi)生監(jiān)督處、藥物政策與基本藥物制度處、科技教育處、省中醫(yī)藥管理局、外事處、保健處、離退休工作處、機關黨委、省紀委（監(jiān)察廳）派駐省衛(wèi)生廳紀檢組（監(jiān)察室）。