微生物感染對免疫功能的影響是多方面的，有些感染可增強免疫功能，免疫接種即建立在此理論基礎上。有些所謂“正常菌群”，如雙歧桿菌、乳酸桿菌、大腸桿菌、寄生在腸道中對人體健康是有益的，甚至是必不可少的。這些感染的過程的最終結(jié)果是增強抗感染免疫功能。

還有很情況下，感染會削弱免疫功能。如麻疹患兒、流感患者有容易并發(fā)肺炎的傾向；風疹、水痘、脊髓灰質(zhì)炎、巨細胞病毒感染、流行性腮腺炎后，可使免疫力下降，易繼發(fā)其他感染。艾滋病毒感染會嚴重破壞免疫系統(tǒng)，從而繼發(fā)感染或腫瘤。

另有一些感染會造成調(diào)節(jié)紊亂，引發(fā)超敏反應（俗稱“過敏”）及自身免疫病，如有些人在鏈球菌感染后會引起腥紅熱，有些則在感染過去后數(shù)月甚至數(shù)年出現(xiàn)風濕性心臟病和風濕性關節(jié)炎，甚至發(fā)生腎炎。

不同微生物感染人體后，其結(jié)果各不相同，而有時同一種感染對免疫系統(tǒng)的影響也因人而異。另外，需要提醒的是，某些活疫菌接種后會在一段時期內(nèi)降低機體免疫功能，發(fā)生接種后反應，這一點也是不應忽視的。