根據(jù)職責(zé)，自治區(qū)衛(wèi)生廳設(shè)10個職能處（室）：

　　（一）辦公室

　　協(xié)助廳領(lǐng)導(dǎo)處理機關(guān)日常工作，協(xié)調(diào)機關(guān)政務(wù)工作；負責(zé)廳機關(guān)會議的組織、綜合性材料的起草和機關(guān)文秘檔案、督查保密、綜合調(diào)研、機關(guān)財務(wù)、信息、信訪、綜合治理、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理機關(guān)規(guī)章制度建設(shè)、對外交流與合作、新聞宣傳等工作。

　　（二）人事處

　　研究制訂自治區(qū)衛(wèi)生人才發(fā)展規(guī)劃并組織實施；指導(dǎo)全區(qū)衛(wèi)生系統(tǒng)專業(yè)技術(shù)人員的資格認定工作；負責(zé)管理廳機關(guān)并指導(dǎo)直屬單位的人事、勞動工資、機構(gòu)編制、專業(yè)技術(shù)職務(wù)評聘等工作；指導(dǎo)衛(wèi)生系統(tǒng)全區(qū)性表彰工作。

　　（三）科技教育處

　　研究擬定自治區(qū)重點醫(yī)學(xué)科技發(fā)展規(guī)劃，確定衛(wèi)生科技優(yōu)先發(fā)展領(lǐng)域；制訂基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究的政策和措施；組織協(xié)調(diào)自治區(qū)重點醫(yī)療科技攻關(guān)，指導(dǎo)全區(qū)醫(yī)療科技成果的推廣應(yīng)用和醫(yī)學(xué)科普工作；參與擬定并指導(dǎo)實施醫(yī)學(xué)教育發(fā)展規(guī)劃和成人醫(yī)學(xué)教育管理辦法。

　　（四）規(guī)劃財務(wù)處

　　研究擬定全區(qū)衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、年度計劃并組織實施；指導(dǎo)區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃工作，統(tǒng)籌規(guī)劃與協(xié)調(diào)全區(qū)衛(wèi)生資源配置，擬定衛(wèi)生財務(wù)管理規(guī)章；研究提出衛(wèi)生經(jīng)濟政策、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理服務(wù)價格建議和衛(wèi)生裝備地方標準，協(xié)調(diào)國外衛(wèi)生貸款的有關(guān)工作；負責(zé)衛(wèi)生統(tǒng)計和內(nèi)部審計工作；管理廳屬單位的國有資產(chǎn)，指導(dǎo)廳屬單位的財會工作。

　　（五）衛(wèi)生法制與監(jiān)督處

　　貫徹執(zhí)行國家及自治區(qū)有關(guān)衛(wèi)生方面的法律、法規(guī)、規(guī)章、技術(shù)規(guī)范、標準，并監(jiān)督執(zhí)行；負責(zé)衛(wèi)生法制建設(shè)、衛(wèi)生執(zhí)法監(jiān)督和衛(wèi)生行政復(fù)議工作；監(jiān)督管理傳染病防治和食品、職業(yè)、環(huán)境、放射、學(xué)校衛(wèi)生，組織制訂自治區(qū)食品、化妝品質(zhì)量管理規(guī)范并負責(zé)認證工作。

　　（六）基層衛(wèi)生與婦幼保健處

　　研究擬定全區(qū)農(nóng)村牧區(qū)衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的發(fā)展規(guī)劃和服務(wù)標準，指導(dǎo)初級衛(wèi)生保健規(guī)劃的實施；研究指導(dǎo)城市基層衛(wèi)生服務(wù)體系的改革；負責(zé)制訂并指導(dǎo)實施婦幼衛(wèi)生和提高出生人口素質(zhì)工作的發(fā)展規(guī)劃、政策措施和技術(shù)標準；監(jiān)督母嬰保健專項技術(shù)的實施；統(tǒng)籌協(xié)調(diào)健康教育工作。

　　（七）醫(yī)政處

　　研究指導(dǎo)醫(yī)療機構(gòu)改革，擬定醫(yī)療機構(gòu)的發(fā)展規(guī)劃、管理辦法和服務(wù)標準，擬定醫(yī)護等專業(yè)技術(shù)人員執(zhí)業(yè)標準、醫(yī)療質(zhì)量標準、服務(wù)規(guī)范，并監(jiān)督實施；監(jiān)督醫(yī)療機構(gòu)的醫(yī)療質(zhì)量和服務(wù)質(zhì)量；依法監(jiān)督管理血站等采供血機構(gòu)的采供血及臨床用血質(zhì)量；協(xié)助地方人民政府和有關(guān)部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護。

　　（八）中蒙醫(yī)處

　　研究擬定全區(qū)中蒙醫(yī)、中蒙西醫(yī)結(jié)合事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、服務(wù)標準以及中蒙醫(yī)務(wù)人員執(zhí)業(yè)標準、服務(wù)規(guī)范；研究制訂中蒙醫(yī)科研開發(fā)規(guī)劃并組織實施；監(jiān)督中蒙醫(yī)、中蒙西醫(yī)結(jié)合醫(yī)療科研機構(gòu)的服務(wù)質(zhì)量；指導(dǎo)全區(qū)中蒙醫(yī)人才培養(yǎng)、繼續(xù)教育、機構(gòu)改革與管理等工作。

　　（九）疾病控制處（自治區(qū)愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室）

　　研究擬定自治區(qū)傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛(wèi)生相關(guān)疾病的防治規(guī)劃和措施，組織對重大傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病的綜合防治；醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理組織調(diào)度全區(qū)衛(wèi)生技術(shù)力量，對重大突發(fā)疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發(fā)生和蔓延；承辦自治區(qū)愛國衛(wèi)生運動委員會的日常工作。

　　（十）保健處

　　負責(zé)管理自治區(qū)保健委員會確定的保健對象的醫(yī)療保健工作，組織自治區(qū)重大活動的醫(yī)療保健工作，按規(guī)定管理自治區(qū)各直屬單位有關(guān)干部的醫(yī)療保健工作。

　　機關(guān)黨委，負責(zé)廳機關(guān)及在呼直屬單位的黨群工作。