根據(jù)職責，自治區(qū)衛(wèi)生廳設10個職能處（室）：

　　（一）辦公室

　　協(xié)助廳領導處理機關日常工作，協(xié)調(diào)機關政務工作；負責廳機關會議的組織、綜合性材料的起草和機關文秘檔案、督查保密、綜合調(diào)研、機關財務、信息、信訪、綜合治理、醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理機關規(guī)章制度建設、對外交流與合作、新聞宣傳等工作。

　　（二）人事處

　　研究制訂自治區(qū)衛(wèi)生人才發(fā)展規(guī)劃并組織實施；指導全區(qū)衛(wèi)生系統(tǒng)專業(yè)技術人員的資格認定工作；負責管理廳機關并指導直屬單位的人事、勞動工資、機構編制、專業(yè)技術職務評聘等工作；指導衛(wèi)生系統(tǒng)全區(qū)性表彰工作。

　　（三）科技教育處

　　研究擬定自治區(qū)重點醫(yī)學科技發(fā)展規(guī)劃，確定衛(wèi)生科技優(yōu)先發(fā)展領域；制訂基礎研究、應用研究的政策和措施；組織協(xié)調(diào)自治區(qū)重點醫(yī)療科技攻關，指導全區(qū)醫(yī)療科技成果的推廣應用和醫(yī)學科普工作；參與擬定并指導實施醫(yī)學教育發(fā)展規(guī)劃和成人醫(yī)學教育管理辦法。

　　（四）規(guī)劃財務處

　　研究擬定全區(qū)衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、年度計劃并組織實施；指導區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃工作，統(tǒng)籌規(guī)劃與協(xié)調(diào)全區(qū)衛(wèi)生資源配置，擬定衛(wèi)生財務管理規(guī)章；研究提出衛(wèi)生經(jīng)濟政策、醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理服務價格建議和衛(wèi)生裝備地方標準，協(xié)調(diào)國外衛(wèi)生貸款的有關工作；負責衛(wèi)生統(tǒng)計和內(nèi)部審計工作；管理廳屬單位的國有資產(chǎn)，指導廳屬單位的財會工作。

　　（五）衛(wèi)生法制與監(jiān)督處

　　貫徹執(zhí)行國家及自治區(qū)有關衛(wèi)生方面的法律、法規(guī)、規(guī)章、技術規(guī)范、標準，并監(jiān)督執(zhí)行；負責衛(wèi)生法制建設、衛(wèi)生執(zhí)法監(jiān)督和衛(wèi)生行政復議工作；監(jiān)督管理傳染病防治和食品、職業(yè)、環(huán)境、放射、學校衛(wèi)生，組織制訂自治區(qū)食品、化妝品質量管理規(guī)范并負責認證工作。

　　（六）基層衛(wèi)生與婦幼保健處

　　研究擬定全區(qū)農(nóng)村牧區(qū)衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務的發(fā)展規(guī)劃和服務標準，指導初級衛(wèi)生保健規(guī)劃的實施；研究指導城市基層衛(wèi)生服務體系的改革；負責制訂并指導實施婦幼衛(wèi)生和提高出生人口素質工作的發(fā)展規(guī)劃、政策措施和技術標準；監(jiān)督母嬰保健專項技術的實施；統(tǒng)籌協(xié)調(diào)健康教育工作。

　　（七）醫(yī)政處

　　研究指導醫(yī)療機構改革，擬定醫(yī)療機構的發(fā)展規(guī)劃、管理辦法和服務標準，擬定醫(yī)護等專業(yè)技術人員執(zhí)業(yè)標準、醫(yī)療質量標準、服務規(guī)范，并監(jiān)督實施；監(jiān)督醫(yī)療機構的醫(yī)療質量和服務質量；依法監(jiān)督管理血站等采供血機構的采供血及臨床用血質量；協(xié)助地方人民政府和有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護。

　　（八）中蒙醫(yī)處

　　研究擬定全區(qū)中蒙醫(yī)、中蒙西醫(yī)結合事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、服務標準以及中蒙醫(yī)務人員執(zhí)業(yè)標準、服務規(guī)范；研究制訂中蒙醫(yī)科研開發(fā)規(guī)劃并組織實施；監(jiān)督中蒙醫(yī)、中蒙西醫(yī)結合醫(yī)療科研機構的服務質量；指導全區(qū)中蒙醫(yī)人才培養(yǎng)、繼續(xù)教育、機構改革與管理等工作。

　　（九）疾病控制處（自治區(qū)愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室）

　　研究擬定自治區(qū)傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛(wèi)生相關疾病的防治規(guī)劃和措施，組織對重大傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病的綜合防治；醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理組織調(diào)度全區(qū)衛(wèi)生技術力量，對重大突發(fā)疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發(fā)生和蔓延；承辦自治區(qū)愛國衛(wèi)生運動委員會的日常工作。

　　（十）保健處

　　負責管理自治區(qū)保健委員會確定的保健對象的醫(yī)療保健工作，組織自治區(qū)重大活動的醫(yī)療保健工作，按規(guī)定管理自治區(qū)各直屬單位有關干部的醫(yī)療保健工作。

　　機關黨委，負責廳機關及在呼直屬單位的黨群工作。