菘藍是古代染料的重要材料。菘藍和另外一種植物蓼藍都是古代制造藍靛的主要原料之一。菘藍又名大青，其成分中含有大青素B（Isatin B，菘藍甙），它實際并非真正意義上的甙，而是吲哚酚與果糖酮酸所形成的酯，吲哚酚配糖體在堿性發(fā)酵液中會被糖化酶或堿劑分解，游離出吲哚酚，進而在空氣中氧化縮合為藍色的沉淀——藍淀（靛藍）。由于菘藍甙比蓼藍中存在的靛甙更容易水解，所以在科學技術不夠發(fā)達的時期，菘藍制靛比蓼藍等其他藍草更為普及，明代之前的典籍甚至有“蓼藍不堪為靛”之說。到了近代，西南少數(shù)民族地區(qū)制造靛藍才廣泛使用蓼藍。閩南地區(qū)為當時的主要產(chǎn)地。