1.核質核質又稱擬核，由裸露的雙鏈DNA盤繞成松散的網狀結構與RNA構成，無組蛋白包繞。它相當于細胞核的功能，決定細菌的生物學性狀和遺傳特征。

2.核糖體（或稱核蛋白體）每個細菌可含有萬余個核糖體，它由RNA（占70%）和蛋白質（占30%）構成，為細菌蛋白質合成的場所。鏈霉素和紅霉素等抗生素可與核糖體結合，而起到抗菌作用。

3.質粒質粒種類繁多，由閉合環(huán)狀雙鏈DNA構成，可自我復制，是核質以外的遺傳物質，能攜帶多種遺傳性狀，并可通過結合、轉化等方式在菌間傳遞質粒，而使細菌獲得新的生物學性狀。主要的質粒有耐藥性R質粒、編碼性菌毛的F質粒、產生大腸菌素的Col質粒及產生腸毒素的ST質粒和LT質粒等。由于質粒的結構簡單，在分子生物學研究中被廣泛地用作載體。

4.胞質顆粒胞質顆粒為細菌貯存營養(yǎng)物質的多糖、脂類及多磷酸鹽等。其中異染顆粒為白喉棒狀桿菌、鼠疫耶爾森氏菌和結核分枝桿菌等所特有的胞質顆粒，它由RNA和偏磷酸鹽構成，經亞甲藍染色呈紫色，此著色特點用于鑒別診斷。