農(nóng)民肺的致病菌是繁殖于發(fā)霉的稻草、麥秸、干草、谷類中的高溫放線菌，主要是干草小多孢菌、普通高溫放線菌、白色高溫放線菌、綠色高溫單孢菌和熱吸水鏈霉菌等。從病人生產(chǎn)環(huán)境中接中接觸的霉稻草和生活環(huán)境中的鋪草、柴草以及病人的痰中可分離、培養(yǎng)出致病菌。

關于發(fā)病機制還不完全清楚，可能與Ⅲ型變態(tài)反應有關，因為患者和實驗動物血清中均可檢測出高溫放線菌相關的特異性免疫復合物和沉淀素抗體。應用免疫熒光組織化學染色技術醫(yī)學教`育網(wǎng)整理，可在復制的農(nóng)民肺動物模型的肺組織中證實在肺泡壁、毛細血管壁以及單核巨噬細胞胞漿內(nèi)有IgG沉積。肺部病變中出現(xiàn)的類上皮細胞性肉芽腫，似乎也提示有Ⅳ型變態(tài)反應參與。也有人認為，高溫放線菌產(chǎn)生的蛋白分解酶對肺組織的直接損傷可能也與農(nóng)民肺的發(fā)病有關。