多殺菌素對有益昆蟲的高度選擇性，使其在害蟲綜合治理中成為一個引人注目的農藥。研究表明,多殺菌素能在大鼠、狗、貓等動物體內快速吸收和廣泛代謝。據報道,在48h內,多殺菌素或其代謝產物的60 %～80 %通過尿或大便排泄出去。多殺菌素在動物的脂肪組織中含量最高,其次是肝、腎、奶和肌肉組織。動物體內多殺菌素的殘留量主要通過N2脫甲基化作用、O2脫甲基化作用和羥基化作用來代謝。表2列出了殺菌素與其他農藥對脊椎動物選擇毒性比，確實是一類生物相容性好的殺蟲劑。此外，以前曾經認為多殺菌素對蜜蜂具有劇毒作用，但最近的野外試驗證明，在實際使用條件下多殺菌素對蜜蜂的影響很小。哺乳動物慢性毒性實驗證明，多殺菌素無致癌、致突變、致畸或神經毒性。