在現(xiàn)代醫(yī)學的結(jié)構(gòu)與體系中，把臨床醫(yī)學歸入應用醫(yī)學范疇，這是因為臨床醫(yī)學需要在基礎醫(yī)學所取得的知識基礎上診治病人，二者的關系與基礎科學（如數(shù)、理、化、天、地、生等學科）和應用科學（如各種工程技術）的關系有類似之處。然而還應看到，基礎醫(yī)學與臨床醫(yī)學的關系又有相當重要的不同之處。不僅基礎醫(yī)學的研究目的是為了認識人體的生命活動（主要是健康人的，也包括患病者的生命活動，下同）的奧秘，發(fā)現(xiàn)其中的規(guī)律，臨床醫(yī)學同樣也擔負著重要的認識生命活動的任務。

同一般的應用科學相比，可以看到臨床醫(yī)學的活動并不局限于對已知理論的應用上，它的研究對象的未知因素相當多。醫(yī)學的研究對象是自然界最高級的生物——人，而人的生命活動要受到各種自然因素和社會因素的綜合作用，其復雜性大大超過其他自然科學。盡管醫(yī)學活動幾乎和人類的文明史同時開始，近代醫(yī)學也與近代自然科學一道起步，但由于研究對象的難度大，至今生命科學的未知領域也要比其他自然科學大得多。對于疾病的認識也是一樣，現(xiàn)在仍在陸續(xù)發(fā)現(xiàn)新的未知的疾病；即使對于已知的疾病，許多方面的認識也還有待于深化。然而，病總是要治的，病人要來求醫(yī)，不管醫(yī)生是否“認識了”他的病。臨床醫(yī)學當然不能等待基礎醫(yī)學把未知因素全部弄清后再去治病，只能努力減少這些未知因素的影響，設法達到治病救人的目的。這就是說，即使基礎理論尚不清楚，也要試探或憑經(jīng)驗去解決實踐中存在的問題，這種實踐我們不妨稱之為“摸索實踐”。在這種實踐中發(fā)展起來的臨床醫(yī)學在其歷史上和認識上都早于基礎醫(yī)學，這是它同許多應用科學顯著的區(qū)別之一。

問題是科學研究的起點。醫(yī)學中等待人們探索的問題，是由誰發(fā)現(xiàn)的呢？基礎醫(yī)學的發(fā)展固然有它自身的連續(xù)性，但是歸根結(jié)底，醫(yī)學中重大的問題往往首先是由臨床醫(yī)學提出來的，因為臨床醫(yī)學在其“摸索實踐”的過程中，最能痛切地感受到基礎理論的不足之處。

回顧醫(yī)學史我們可以看到，一切疾病都要靠臨床醫(yī)學（而不是基礎醫(yī)學）來發(fā)現(xiàn)，一切疾病在活體上的表現(xiàn)及其變化規(guī)律即“臨床相”（clinicalmanifestation），也是靠臨床醫(yī)學來確認的——即使在基礎醫(yī)學已有相當規(guī)模的今天也不例外。如本世紀六十年代對新幾內(nèi)亞的庫魯?。↘urn，新幾內(nèi)亞震顫）的發(fā)現(xiàn)，七十年代在美國對軍團病（Legionellosis，嗜肺性軍團病桿菌感染）的發(fā)現(xiàn)，八十年代對獲得性免疫缺陷綜合征（acquiredimmune deficiencysyndrome，AIDS）的發(fā)現(xiàn)等等，都是如此。在臨床上首先發(fā)現(xiàn)了這些新的疾患，確定了它們是未知的特殊的病種，再由預防醫(yī)學深入研究其本質(zhì)。而人們對疾病的臨床表現(xiàn)（臨床相）的認識，也總是先行于對疾病的病因、發(fā)病機制等基礎醫(yī)學的認識。事實上，臨床工作中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了的許多疾病表現(xiàn)的規(guī)律，目前還未得到基礎醫(yī)學的解釋，例如紅斑狼瘡患者女性多于男性；食管癌患者總數(shù)男性多于子女性，但是在食道的第一個生理縮狹段發(fā)生癌變者中，女性多于男性。傷寒與斑疹傷寒都可出現(xiàn)皮疹，但傷寒患者的皮疹多見于胸腹部，而斑疹傷寒急者則背部及四肢也常有皮疹出現(xiàn)。這些差別的發(fā)生機理至今仍不清楚，醫(yī)學對這類臨床上無法用已有的知識解釋的現(xiàn)象進行深究，往往能導致理論上新的發(fā)現(xiàn)。將來由于科學技術的進步，人類將會接觸到許多新的物質(zhì)，或新的社會生活條件（如電磁波、人工合成物質(zhì)、人工氣候、優(yōu)越的生活方式，緊張的生活節(jié)奏等等），這些因素可能對人的健康產(chǎn)生什么影響尚難以預料，因此，臨床醫(yī)學發(fā)現(xiàn)新疾病的功能應當加強。

由此可見，臨床醫(yī)學的性質(zhì)既屬于應用科學，又不是單純的應用科學，它在疾病的科學發(fā)現(xiàn)中起著重要的作用。這樣，從事臨床工作的醫(yī)生就不應把自己的工作視為簡單的重復性勞動，而應看到自己所肩負的科學發(fā)現(xiàn)的責任，應該使自己在應用已知理論治病救人的同時，不放過一切科學發(fā)現(xiàn)的機會，做探索未知世界的先鋒。