反枝莧是一種典型的危害雜草，它容易影響其他生物的生長、繁殖。“清除反枝莧必須加大人工的力度，當然也可以通過化學除草消滅。和很多雜草一樣，反枝莧最大危害就是需要花費巨大的人力、物力去清除。”

反枝莧是農田、果園、路旁和荒地的常見雜草，常污染作物種子，如果不加以有效防治，玉米、大豆、春小麥、油菜和蔬菜等產量將明顯受損。影響收獲，由于反枝莧的侵害，甜菜的產量減少了49%，大豆的產量減少了22%。

莧屬植物在不同的生長時期和環(huán)境條件下，都具有積累硝酸鹽的能力。反枝莧積累的硝酸鹽量足以將家畜致死，其莖和枝是貯存硝酸鹽的主要組織。隨著反枝莧的生長，硝酸鹽的吸收率不斷增加，在開花前達到最大，葉子中硝酸鹽的含量可達30%。在反枝莧和玉米的競爭研究中發(fā)現，反枝莧貯存的氮主要是硝態(tài)氮，硝態(tài)氮可能會增強反枝莧的競爭力。

反枝莧在西紅柿地中是列當的寄主，桃園和蘋果園中是桃蚜的寄主，辣椒地中是黃瓜花葉病毒的寄主，馬鈴薯地中其嚴重感染馬鈴薯早疫病。同時反枝莧也是小地老虎、美國盲草牧蝽、歐洲玉米螟的田間寄主。

有報道指出反枝莧能夠引起人類皮膚過敏。