1、原料方面。由于生態(tài)環(huán)境日益惡化和過度開發(fā)，許多野生中藥材資源已經不能滿足需求，甚至瀕臨滅絕，如野生人參、天麻、三七、冬蟲夏草、虎、豹、麝、熊等。而人工種植的中藥材由于藥農缺乏藥學知識，隨意使用化肥，不進行適時采收及合適的產地加工，出現(xiàn)種質混雜、品種退化，重金屬、農藥殘留超標等質量問題。此外，不適當?shù)囊N也使許多藥材不具備地道性，如牛膝和野牛膝、白芷和大活等醫(yī)學`教育網搜集整理。

2、加工炮制方面中藥炮制是我國獨有的傳統(tǒng)制藥技術，中藥飲片是中藥材的炮制加工品，其質量好壞直接關系到人民用藥的安全與療效。目前全國飲片切制或炮制規(guī)程還沒有完全統(tǒng)一的標準通則可依。如切制的中藥飲片規(guī)格片類、絲類、段類及各種用輔料炮制炒制的標準工藝，即使現(xiàn)在已有規(guī)定標準也是參差不等，存在較大差異，使飲片在臨床應用的療效受到很大的影響。

3、中藥飲片形式傳統(tǒng)飲片系指目前國家和地方標準中收載的，能直觀鑒別出品種的飲片。其不足之處為配方時劑量欠準確，用量大且需煎煮，飲片厚大，有效成分煎出率低，包裝簡陋，容易串味，質量影響因素多，本身及環(huán)境衛(wèi)生差，配方工作強度大、速度慢、出錯率高及難以自動化調劑等。

4、中藥飲片生產企業(yè)中藥飲片產業(yè)基礎差，技術改造起步晚，是中藥各產業(yè)中最薄弱的環(huán)節(jié)，整體產業(yè)水平還很低，表現(xiàn)在生產企業(yè)多，規(guī)模小，效益低，技術開發(fā)和創(chuàng)新能力弱，生產工藝和設備落后，管理不規(guī)范等問題。絕大多數(shù)中藥飲片生產企業(yè)是作坊式的加工點，生產條件簡陋，生產、質量檢測設備落后，企業(yè)的現(xiàn)代經營管理經驗及專業(yè)技術人才缺乏，以致藥材的有效成分流失，飲片質量難以保證。

5、中藥飲片包裝包裝是商品儲存、運輸、流通中保證商品質量，使其不受污染的手段。而傳統(tǒng)飲片包裝簡陋，主要為麻袋、草（蒲、席）包、布袋、化纖袋，容易串味，鮮有內包裝、說明及批號，缺乏統(tǒng)一規(guī)格。

6、中藥飲片市場近年來，由于缺乏質量監(jiān)督手段和市場管理不嚴，中藥飲片市場規(guī)范程度一直很低，以次充好、以假亂真、價格欺詐現(xiàn)象時有發(fā)生，如以“參薯”充“山藥”，以“黨參子”充“車前子”，以“虎刺”充“巴戟天”等。

7、中藥飲片調配方式中藥調配自宋代以來，一直以戥秤逐一稱量調配為主，這種調配作業(yè)方式在一定歷史條件下應該說是可行的，是有歷史功績的。但隨著社會的進步，其弊端已逐步顯現(xiàn)出來，如工作人員站立作業(yè)，往返頻繁走動，勞動負荷重；藥物散包存放，在群體作業(yè)過程中造成空氣污染嚴重，室內“臟、亂、差”的現(xiàn)象較常見，藥劑人員的形象和藥劑工作應有的學術氛圍均受到破壞，使藥劑人員的身心健康長時間受到損害。同時，分劑量不準，藥物混包后難以查對，藥物錯、漏難以發(fā)現(xiàn)和糾正，且調配操作和病人候藥時間長，占用人力過多。

8、人力資源方面盡管中藥飲片的傳統(tǒng)優(yōu)勢在中國，但中國科技隊伍力量薄弱，人才外流嚴重，炮制專業(yè)人員更少，甚至面臨后繼乏人的局面。新技術、新方法的引入如生物技術、信息技術等現(xiàn)代高新技術在中藥飲片科技中尚未引起足夠的重視，從業(yè)人員不多。