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亞甲藍可以給麻、絲綢、紙張染色。生物學上也被用做細菌或細胞染色劑。但因為其容易氧化，染色結(jié)果不宜長久保存?？梢耘c酸性染料黃色伊紅（Eostm Y）組成瑞氏染料（Wright's staim）。
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