關(guān)于轉(zhuǎn)基因生物的安全性，目前仍沒有科學(xué)性共識(shí)。盡管如此，基因工程農(nóng)作物已被大規(guī)模投放，生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用也日益增加。轉(zhuǎn)基因生物還被投入工業(yè)使用和環(huán)境恢復(fù)，而公眾對(duì)此卻知之甚少。最近幾年，越來越多的證據(jù)證明存在生態(tài)、健康危害和風(fēng)險(xiǎn)，對(duì)農(nóng)民也有不利影響.

基因工程細(xì)菌影響土壤生物，導(dǎo)致植物死亡

1999出版的研究資料例舉了基因工程微生物釋放到環(huán)境中將如何導(dǎo)致廣泛的生態(tài)破環(huán)。

當(dāng)把克氏桿菌的基因工程菌株與砂土和小麥作物加入微觀體中時(shí)，喂食線蟲類生物的細(xì)菌和真菌數(shù)量明顯增加，導(dǎo)致植物死亡。而加入親本非基因工程菌株時(shí)，僅有喂食線蟲類生物的細(xì)菌數(shù)量增加，而植物不會(huì)死亡。沒有植物而將任何一種菌株引入土壤都不會(huì)改變線蟲類群落。

克氏桿菌是一種能使乳糖發(fā)酵的常見土壤細(xì)菌?；蚬こ碳?xì)菌被制造用來在發(fā)酵桶中產(chǎn)生使農(nóng)業(yè)廢物轉(zhuǎn)換為乙醇的增強(qiáng)乙醇濃縮物。發(fā)酵殘留物，包括基因工程細(xì)菌亦可于土壤改良。

研究證明，一些土壤生態(tài)系統(tǒng)中的基因工程細(xì)菌在某些條件下可長(zhǎng)期存活，時(shí)間之長(zhǎng)足以刺激土壤生物產(chǎn)生變化，影響植物生長(zhǎng)和營(yíng)養(yǎng)循環(huán)進(jìn)程。雖然目前仍不清楚此類就地觀測(cè)的程度，但是基因工程細(xì)菌引起植物死亡的發(fā)現(xiàn)也說明如果使用此種土壤改良有殺傷農(nóng)作物的可能。

致命基因工程鼠痘病毒偶然產(chǎn)生

澳大利亞研究員在研發(fā)對(duì)相對(duì)無(wú)害的鼠痘病毒基因工程時(shí)竟意外制創(chuàng)造出可徹底消滅老鼠的殺手病毒。

研究員們將白細(xì)胞間介素4的基因（在身體中自然產(chǎn)生）插入到一種鼠痘病毒中以促進(jìn)抗體的產(chǎn)生，并創(chuàng)造出用于控制鼠害的鼠類避妊疫苗。非常意外的是，插入的基因完全抑制了老鼠的免疫系統(tǒng)。鼠痘病毒通常僅導(dǎo)致輕微的癥狀，但加入IL-4基因后，該病毒9天內(nèi)使所有動(dòng)物致死。更糟的是，此種基因工程病毒對(duì)接種疫苗有著異乎尋常的抵抗力。

經(jīng)改良的鼠痘病毒雖然對(duì)人類無(wú)影響，但卻與天花關(guān)系十分密切，讓人擔(dān)心基因工程將會(huì)被用于生物戰(zhàn)。一名研究員在談及他們決定出版研究成果的原因時(shí)曾說：" 我們想警告普通民眾，現(xiàn)在有了這種有潛在危險(xiǎn)的技術(shù)"，"我們還想讓科學(xué)界明白，必須小心行事，制造高危致命生物并不是太困難。"

殺蟲劑使用的增加大部分是由于HT作物，尤其是HT大豆使用的殺蟲劑增加，這一點(diǎn)可追溯到對(duì)HT作物的嚴(yán)重依賴性以及雜草管理的單一除草劑（草甘磷）使用。這已導(dǎo)致轉(zhuǎn)移到更加難以控制的雜草，而某些雜草中還出現(xiàn)了遺傳抗性，迫使許多農(nóng)民在基因工程作物上噴灑更多的除草劑以對(duì)雜草適當(dāng)進(jìn)行控制。HT大豆中的抗草甘膦杉葉藻（marestail）于2000年在美國(guó)首次出現(xiàn)，在HT棉花中也已鑒別出此種物質(zhì)[27]。

其它研究顯示，基因工程農(nóng)作物本身也會(huì)對(duì)其使用的除草劑產(chǎn)生抗性，引發(fā)嚴(yán)重的自身自長(zhǎng)作物問題（同一塊地里早先種植的作物種子發(fā)芽的植物后來變成雜草）并迫使進(jìn)一步使用除草劑。加拿大科學(xué)家證實(shí)了抗多種除草劑之基因工程油菜的迅速演化，此種作物因花粉長(zhǎng)距離傳播而融合了不同公司研制的單價(jià)抗除草劑特性。

此外，科學(xué)家還在2002年確認(rèn)了轉(zhuǎn)基因可從Bt向日葵移動(dòng)到附近的野生向日葵，使雜化物更強(qiáng)、對(duì)化學(xué)藥品更具抗性，因?yàn)檩^之無(wú)基因控制的情況，雜化物多了50%的種子，且種子健康，甚至在干旱條件下也如此。

北卡羅萊那州大學(xué)的研究顯示，Bt油菜與相關(guān)雜草、鳥食草之間的交叉物可產(chǎn)生抗蟲性雜合物，使雜草控制更困難。

所有這些事件使預(yù)防方法和嚴(yán)格的生物安全管理變得突出。預(yù)防原則在《卡塔赫納生物安全協(xié)議》這一主要管理轉(zhuǎn)基因微生物的國(guó)際法律中已得到重申。尤其是第 10（6）條聲稱，如果缺乏科學(xué)定論，締約方可限制或禁止轉(zhuǎn)基因生物的進(jìn)口，以避免或使生物多樣性及人類健康的不利影響降到最低。