多數(shù)衣原體引起的疾病可根據(jù)臨床癥狀和體征確診。但對早期或經(jīng)癥患者，須行實驗室檢查來幫助診斷。

（一）直接涂片鏡檢

沙眼急性期患者取結(jié)膜刮片，Giemsa或碘液及熒光抗體染色鏡檢，查上皮細(xì)胞漿內(nèi)有無包涵體。包涵體結(jié)膜炎及性病淋巴肉芽腫，也可從病損局部取材涂片，染色鏡檢，觀察有無衣原體或包涵體。

（二）分離培養(yǎng)

用感染組織的滲出液或刮取物，接種雞胚卵黃囊或傳代細(xì)胞，分離衣原體，再用免疫學(xué)方法鑒定。

（三）血清學(xué)試驗

主要用于性病淋巴肉芽腫的輔助診斷。醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理常用補體結(jié)合試驗，若雙份血清抗體效價升高4倍或以上者，有輔助診斷價值。也可用ELISA、凝集試驗。

（四）PCR試驗

設(shè)計不同的特異性引物，應(yīng)用多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)可特異性診斷沙眼衣原體，具有敏感性高，特異性強的特點，現(xiàn)被廣泛應(yīng)用。