幾乎所有的細菌中，除了染色體之外，細胞中還存在一些環(huán)狀的DNA分子，叫做質(zhì)粒（plasmid）。質(zhì)粒上常帶有一些特殊的基因，如抗生素的抗性基因。質(zhì)粒具有自己的復制起始區(qū)，能自主復制。有些小質(zhì)粒是使用細胞的酶來復制，而大型質(zhì)粒本身就帶有編碼復制酶的基因，這樣就可以依靠自己的復制酶來復制。另外一些質(zhì)粒它們可以整合到宿主的染色體中，和細菌染色體同步復制。

在細菌中有很多不同的質(zhì)粒，不同的細菌含有不同的質(zhì)粒。質(zhì)粒根據(jù)它們所帶有的基因以及賦于宿主細胞的特點可以分為五種不同的類型：

1、抗性質(zhì)粒：它們帶有抗性基因，可使宿主菌對某些抗菌素產(chǎn)生抗性，如對氨基芐青霉素，氯霉素等產(chǎn)生抗性。不同的細菌中也可含有相同的抗性質(zhì)粒，如RP4質(zhì)粒在假單胞菌屬和其它細菌中都存在。R質(zhì)粒還可以通過感染的形式在不同種的細菌中傳播。

2、致育因子：可以通過接合在供體和受體間傳遞遺傳物質(zhì)。F因子約有1/3的DNA構(gòu)成一個轉(zhuǎn)移DNA的操縱子，約35個基因，負責合成和裝配性傘毛。這就是DNA轉(zhuǎn)移區(qū)域，受traJ基因產(chǎn)物的正調(diào)節(jié)。它還具有重組區(qū)和復制區(qū)。重組區(qū)含有多個插入順序，通過這些插入順序進行同源重組。在復制區(qū)有兩個復制起始點：一個是OriV，供給F因子在宿主中自主復制時使用；另一個是OriT，供接合時進行滾環(huán)復制的起始點。

3、Col質(zhì)粒：帶有編碼大腸桿菌素的基因。大腸桿菌素可殺死其它細菌醫(yī)`學教育網(wǎng)搜集整理。

4、降解質(zhì)粒：這種質(zhì)粒編碼一種特殊蛋白，可使宿主菌代謝特殊的分子，如甲苯或水楊酸。

5、侵入性質(zhì)粒：這些質(zhì)粒使宿主菌具有致病的能力。如Ti質(zhì)粒，此是在根癌農(nóng)桿菌中發(fā)現(xiàn)的，現(xiàn)經(jīng)過加工用來作植物轉(zhuǎn)基因的一種常用載體。

質(zhì)粒的大小很不相同，最小的約長1Kb，而最大的可達250Kb.質(zhì)粒在細胞中的拷貝數(shù)也不盡相同。有的拷貝數(shù)很少，只有一，二個拷貝，稱為嚴緊型（stringent）質(zhì)粒，另一些具有較高的拷貝數(shù)，約有10個以上，稱為松弛型（relaxed）質(zhì)粒。有些質(zhì)粒不能共存于一個細菌的細胞，這種特征稱為質(zhì)粒的不相容性。共存于同一種細菌中的質(zhì)粒必須屬于不同的不相容群。

在細菌的基因組中還存在著一些轉(zhuǎn)座因子，它們有著特殊的結(jié)構(gòu)，并可以在基因組中移動。