美國(guó)奎格·文特研究所和多倫多兒童醫(yī)院以及加州大學(xué)的研究者日前公布了奎格·文特本人的基因組序列,這是世界上第一次公布單個(gè)個(gè)體二倍體的基因組序列,初步分析報(bào)告發(fā)表在最新一期的《PLOS生物學(xué)》上。
此前已有兩個(gè)版本的人體基因組存在,是2001年分別由文特博士和賽雷格基因公司的合作者以及美國(guó)政府協(xié)會(huì)研究者們發(fā)布的,但這些染色體都不是某個(gè)人的,而是由不同志愿者捐贈(zèng),且沒有在每個(gè)染色體的兩個(gè)副本之間、甚至是不同捐贈(zèng)者的DNA之間作出區(qū)分,從而混淆了等位基因,因此這兩個(gè)版本都極大低估了人類基因的多樣性。
這一次,奎格·文特研究所的研究人員從文特的DNA中提取了1900萬(wàn)條基因序列和另外1300萬(wàn)條序列,利用全基因組鳥槍法和先進(jìn)的基因組組合策略及軟件,完成了二倍體基因組大片段的測(cè)序。
人類基因組中有幾種不同的DNA變異,其中研究最多的是單核苷酸多態(tài)性,它們被認(rèn)為是決定人類特征和疾病的最基本變異。這次研究一共發(fā)現(xiàn)覆蓋1230萬(wàn)堿基對(duì)的420萬(wàn)醫(yī)學(xué)教`育網(wǎng) 搜集整理個(gè)變異,其中320萬(wàn)個(gè)是單核苷酸多態(tài)性變異。但是這一測(cè)序也發(fā)現(xiàn)了一些很少研究的基因組變異,包括序列插入—刪除、復(fù)制數(shù)字變異、片斷復(fù)制等。研究者還發(fā)現(xiàn)文特的兩組染色體存在0.5%的差異,這表明DNA變異可能比之前認(rèn)為的要多出7倍多,而且約有44%的文特基因在來(lái)自每個(gè)染色體的副本之間存在遺傳差異。
在發(fā)表的論文中,研究人員還突出了文特基因組的一些特點(diǎn),如他的APOE序列和SORL1基因均表明可能會(huì)增加患早老性癡呆病和心血管病的風(fēng)險(xiǎn);而ABCC11基因序列表明,文特耳朵可能產(chǎn)生潮濕的耳垢等。