功能基因篩選研究的基本策略包括：（1）通過表達(dá)譜差異分析、生物信息學(xué)分析和基因克隆等途徑獲得候選基因；（2）對候選基因進(jìn)行功能評價，可在基因組、轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)組和代謝產(chǎn)物等水平進(jìn)行）；（3）基因功能確證；（4）決定開發(fā)戰(zhàn)略。

　　獲得候選基因的研究路線之一是通過正常和疾病組織的表達(dá)譜差異分析獲得疾病的相關(guān)基因，進(jìn)一步進(jìn)行基因功能的篩選研究.該篩選策略與疾病過程密切相關(guān)，較多地應(yīng)用于新藥及治療靶點的發(fā)現(xiàn)。

　　確定候選功能基因獲得候選基因的另一研究路線是通過生物信息學(xué)分析預(yù)測、選定基因序列、克隆獲得候選基因，進(jìn)一步進(jìn)行基因功能的篩選研究。該研究策略篩選范圍廣，多用于新基因的功能探索研究。

　　用于生物信息學(xué)分析的數(shù)據(jù)資料，主要來源于DNA芯片技術(shù)和其他相關(guān)技術(shù)測定的基因表達(dá)信息。通過與已知基因或蛋白質(zhì)序列的分析、比較，可以確定候選研究基因序列長度，提供該未知基因產(chǎn)物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路、細(xì)胞結(jié)構(gòu)蛋白類型和細(xì)胞定位等預(yù)測信息。然而，由于人類基因組中約1/3的基因序列與其他基因無同源性，因此這些基因的功能不易進(jìn)行直接預(yù)測。另一方面，蛋白質(zhì)的功能表現(xiàn)還與其所處的分子環(huán)境有關(guān)，醫(yī)學(xué)教.育網(wǎng)搜集整理一種蛋白質(zhì)實際上與相鄰蛋白質(zhì)形成了功能網(wǎng)絡(luò)。

　　因此，生物信息學(xué)中的功能網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫分析，對于了解復(fù)雜信號通路及與其他基因產(chǎn)物的關(guān)系，可能會提供有價值的參考信息。

　　除上述研究策略外，其他途徑的功能基因研究也在進(jìn)行，如直接從正?；蚣膊〗M織中克隆單一未知基因，進(jìn)行功能研究。