MIP制備原理將印跡分子（模板分子）與合適的功能單體混合，并使用交聯(lián)劑將其聚合，在印跡分子周圍形成交聯(lián)度很高的三維交聯(lián)的高分子聚合物網(wǎng)絡；而后再用適當?shù)姆椒▽⒂≯E的分子去除，最終得到的聚合物即為分子印跡聚合物。根據(jù)印跡分子與功能單體的結(jié)合方式可以將MIP分為兩種基本類型：共價型和非共價型，前者是指單體與印跡分子間在交聯(lián)聚合前先通過硼酸酯、Schiff堿、酯、縮醛以及縮酮等方式形成牢固的共價鍵；而在非共價印跡方式中，單體與印跡分子之間是以離子鍵、氫鍵、范德華力及疏水作用等非共價形式形成弱相互作用；后者與前者相比：由于單體與印跡分子之間形成的是一種多點協(xié)調(diào)、強度較弱的相互作用，因此它具有結(jié)合容易、解離容易、可逆性好、達到平衡快的優(yōu)點。

　　　　MIP組成功能單體分子印跡中功能單體應能和印跡分子特異性結(jié)合，較為常用的為甲基丙烯酸和丙烯酰胺。前者的羧基可以以離子鍵方式與胺發(fā)生作用，也可以以氫鍵方式與酰胺、羧基發(fā)生作用。后者是色譜和電泳中常用的惰性凝膠單體，適于蛋白質(zhì)的分離純化。它的酰胺功能團即使在極性溶劑中也可以形成較強的氫鍵，酰胺基在水溶液中不會離子化，以蛋白質(zhì)為印跡分子時，蛋白質(zhì)中的肽鍵可以和酰胺形成較強的作用力。一些天然的多糖物質(zhì)如殼聚糖也被用作蛋白質(zhì)印跡的功能單體，制成的血紅蛋白印跡聚合物具有特異性地識別能力。用多種單體來印跡蛋白質(zhì)可能是一種很有前景的方法，聚合物可以增加識別作用力的種類，從而可以提高對印跡分子的選擇性. 交聯(lián)劑交聯(lián)劑的作用是原位固定化功能單體，使聚合物形成一定的空間網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)。模板分子去除后，聚合物仍保留與模板分子互補的三維孔穴，為了保證聚合物的剛性和柔性，針對不同的交聯(lián)劑其用量不同，其直接關(guān)系到最終產(chǎn)物的交聯(lián)度，對聚合物的性能有深刻的影響。常用的有雙甲基丙烯酸乙二醇酯（EGDMA）、三甲氧基丙烷三甲基丙烯酸酯（TRIM）、N，N-亞甲基雙丙烯酰胺、環(huán)氧氯丙烷等。

　　　　引發(fā)劑目前的普遍采用引發(fā)劑為偶氮二異丁腈（AIBN），加熱60℃引發(fā)聚合，對于熱不穩(wěn)定的模板分子可選擇低溫紫外光（350nm）引發(fā)聚合；在最近蛋白質(zhì)印跡研究中，多采用水溶性的過硫酸鹽-四甲基亞乙二胺（TEMED）或亞硫酸氫鈉的氧化-還原體系。另外，電聚合方式在電極原位聚合中以其獨特優(yōu)勢而備受關(guān)注。溶劑分子印跡聚合物合成中，溶劑對模板分子與功能單體之間的作用力影響很大，直接影響到聚合物對模板分子再結(jié)合的親合性和選擇性。基本要求是溶劑對模板分子、功能單體等各組分有較好的溶解性，傳統(tǒng)常用溶劑有氯仿、乙腈、甲醇與水的混合液等。同時為提高模板分子在聚合物中的傳質(zhì)速度往往在其中加入致孔劑，如甲苯、二甲苯等，以增加聚合物孔徑的大小和數(shù)量，從而提高響應速度。但考慮到天然的生物分子相互作用：如酶與底物、抗原與抗體、給體與受體等大多是在水環(huán)境中進行反應的，因此最近對于生物大分子印跡聚合物的研究均致力于在水溶液中進行。