緩沖液在電泳過程中的作用是維持合適的pH.電泳時的正極與負極都會發(fā)生電解反應，正極發(fā)生的是氧化反應，負極發(fā)生的是還原反應。長時間的電泳將使正極變酸，負極變堿。一個好的緩沖系統(tǒng)應有較強的緩沖能力，是溶液兩極的pH保持基本不變。

　　電泳緩沖液的另一個作用是使溶液具有一定的導電性，以利于DNA分子的遷移，例如，一般電泳緩沖液中應含有0.01-0.04mol/L的Na+離子，Na⁺離子的濃度太低時電泳速度變慢；太高時就會造成過大的電流使膠發(fā)熱甚至熔化。