中腦在橫切面上可見背側(cè)的中腦水管及其周圍的中央灰質(zhì)。中央灰質(zhì)背側(cè)的四疊體（上丘、下丘），又稱為頂蓋。腹側(cè)的廣闊區(qū)域統(tǒng)稱為大腦腳。大腦腳又被黑質(zhì)分為背側(cè)的中腦被蓋和腹側(cè)的大腦腳底兩部。

　　1. 下丘階段的橫切面 可見滑車神經(jīng)核位于中腦水管腹側(cè)中線兩旁。自小腦發(fā)出的小腦上腳，在此切面中線上開始交叉，被蓋的其他纖維束在位置上與腦橋上部相同。

　　黑質(zhì)位于中腦被蓋與大腦腳底之間，貫中腦的全長。大腦腳底由皮質(zhì)腦橋束和錐體束組成。

　　2. 上丘階段的橫切面 在中央灰質(zhì)的腹側(cè)，有動眼神經(jīng)根和動眼神經(jīng)副核出現(xiàn)。前者發(fā)出軀體運動纖維；后者發(fā)出副交感纖維合成動眼神經(jīng)，自腳間窩出腦。在被蓋中央，中線兩側(cè)，有一對大的紅核，它發(fā)出紅核脊髓束，交叉至對側(cè)下行。此切面以上部位，在中腦和間腦交界水平，緊靠上丘顱側(cè)數(shù)小群細胞稱為頂蓋前區(qū)。上行傳導束在上、下丘平面都集聚在被蓋部的外側(cè)。內(nèi)側(cè)丘系在黑質(zhì)的背側(cè)，脊髓丘腦束和三叉丘腦束在內(nèi)側(cè)丘系的背外側(cè)。