先天性甲狀腺功能減退癥（先天性甲減）的主要病因包括：

1.甲狀腺發(fā)育異常 這是最常見的原因，可以是甲狀腺完全缺失、異位或部分發(fā)育不良。這些情況導致甲狀腺無法正常產(chǎn)生足夠的甲狀腺激素。

2.遺傳因素 先天性甲減有遺傳傾向，某些基因突變?nèi)鏣SHR（促甲狀腺激素受體）、TPO（過氧化物酶）、TG（甲狀腺球蛋白）等的異常都可能引起該病。

3.母親自身免疫性疾病 孕婦如果患有自身免疫性甲狀腺疾病，其體內(nèi)產(chǎn)生的抗體可能會通過胎盤影響胎兒的甲狀腺功能，導致新生兒出現(xiàn)先天性甲減。

4.碘攝入不當 無論是孕期母親碘缺乏還是過量攝入都可能導致胎兒或新生兒發(fā)生甲狀腺功能障礙。在某些地區(qū)，由于飲食中長期缺碘或者過量補碘而引發(fā)此癥的情況較為常見。

5.藥物因素 孕婦服用某些藥物如抗甲狀腺藥、鋰鹽等也可能對胎兒造成影響，干擾其正常的甲狀腺發(fā)育和功能。

總之，先天性甲減的病因多樣，涉及遺傳、環(huán)境及母體健康狀況等多個方面。早期診斷與治療對于改善患兒預后至關(guān)重要。