代謝在體內(nèi)處理脂蛋白的過程被稱為“脂蛋白代謝”。它分為兩套途徑，分別是外源性途徑和內(nèi)源性途徑，大多數(shù)是基于所討論的脂蛋白是主要是來自于膳食（外源性途徑）或是由肝臟所產(chǎn)生（內(nèi)源性途徑）

外源性途徑

小腸膜上皮細胞很容易地從富于營養(yǎng)的食物中吸收脂質(zhì)。這些脂質(zhì)，包括甘油三酯、磷脂和膽固醇，被載脂蛋白B-48組裝進乳糜微粒之中。這些新生的乳糜微粒被腸上皮細胞分泌到淋巴循環(huán)之中，此過程在很大程度上依賴于載脂蛋白B-48.當(dāng)它們在淋巴管中循環(huán)時，這些新生的乳糜微粒繞過肝臟循環(huán)并且通過胸導(dǎo)管排放到血流之中。

在血液中，高密度脂蛋白顆粒將載脂蛋白C-II與載脂蛋白E送給新生的乳糜微粒；現(xiàn)在，乳糜微?？梢员豢醋鳛槌墒煨偷牧?。借助載脂蛋白C-II的作用，成熟的乳糜微粒激活一種稱為脂蛋白脂肪酶（LPL）的酶，這種酶位于血管內(nèi)皮細胞膜上。脂蛋白脂肪酶催化甘油三酯（即甘油共價結(jié)合在脂肪酸上）的水解，最終從乳糜微粒中釋放出甘油以及脂肪酸。甘油和脂肪酸可以被吸收到周緣組織中，特別是脂肪和肌肉之中，以作為能量和儲備之用。

被水解的乳糜微粒可以被叫做乳糜微粒殘體。乳糜微粒殘體會繼續(xù)循環(huán)下去，直到在載脂蛋白E的幫助下與乳糜微粒殘體受體相互作用為止，這些受體多數(shù)見于肝臟之中。該相互作用會導(dǎo)致乳糜微粒殘體被胞吞，它接下來會被溶體水解。溶體水解會釋放甘油和脂肪酸進入細胞中，細胞會將其作為產(chǎn)能用或儲存起來以備后用。

內(nèi)源性途徑

肝臟是脂蛋白的另一個重要來源，主要是極低密度脂蛋白。甘油三酯和膽固醇被載脂蛋白B-100組裝起來形成極低密度脂蛋白顆粒。新生的極低密度脂蛋白顆粒通過依賴與載脂蛋白B-100的途徑被釋放進血流之中。

在乳糜微粒代謝之中，極低密度脂蛋白顆粒中的載脂蛋白C-II與載脂蛋白E是從高密度脂蛋白顆粒中索取的。一旦被裝載上載脂蛋白C-II與載脂蛋白E，新生極低密度脂蛋白顆粒就可以被認為是成熟的了。

與乳糜微粒相同，極低密度脂蛋白顆粒也參加循環(huán)并且也被位于血管內(nèi)皮細胞上的脂蛋白脂肪酶水解。載脂蛋白C-II激活脂蛋白脂肪酶，致使極低密度脂蛋白顆粒的水解并釋放出甘油和脂肪酸。這些產(chǎn)物可以被周緣組織從血液中吸收，主要是脂肪和肌肉。被水解的極低密度脂蛋白顆粒現(xiàn)在叫做極低密度脂蛋白殘體或稱為中間密度脂蛋白（IDL）。極低密度脂蛋白殘體可以繼續(xù)參與循環(huán)，并且通過載脂蛋白E與殘體受體相互作用，被肝臟吸收以及被肝酯酶進一步水解。

它被肝酯酶水解后會產(chǎn)生甘油和脂肪酸，留下中間密度脂蛋白殘體，稱作低密度脂蛋白（LDL），其中有相對較高的膽固醇含量。低密度脂蛋白繼續(xù)循環(huán)并被肝臟以及周緣組織吸收。通過低密度脂蛋白受體與低密度脂蛋白顆粒表面的載脂蛋白B-100或E之間的相互作用，低密度脂蛋白與目標組織發(fā)生結(jié)合。通過胞吞作用被吸收進去，被內(nèi)化的低密度脂蛋白顆粒在溶酶體中被水解，釋放出主要成分為膽固醇的脂類。