神農(nóng)不是醫(yī)藥學(xué)家，自然也不會是《神農(nóng)本草經(jīng)》的真實作者，這一點在中醫(yī)學(xué)界基本得到承認。但是翻開歷史，發(fā)現(xiàn)有太多的醫(yī)家都以為《神農(nóng)本草經(jīng)》的作者是神農(nóng)。

“神農(nóng)說”最有力的鼓吹者是陶弘景?！都?middot;序錄》云：“舊說皆稱神農(nóng)《本經(jīng)》，余以為信然。”其后的顏之推，孔志約等也是這樣認為的?！额伿霞矣?xùn)》云：“典籍錯亂，非止于此，譬猶本草，神農(nóng)所述，而有豫章、朱崖、趙國、常山、奉高、真定、臨淄、馮詡等郡縣名，出諸藥物。”孔志約序《新修本草》云：“以為《本草經(jīng)》者，神農(nóng)之所作，不刊之書也。”即使到了清代，考據(jù)大家趙翼仍迷信陶說，以《本草經(jīng)》為神農(nóng)之作，《曝雜記》云：“三皇之書，伏羲有《易》，神農(nóng)有《本草）），黃帝有《素問》?！兑住芬圆敷掖?，《本草》《素問》以方伎存。”由此可見，在缺乏嚴謹治學(xué)精神和質(zhì)疑精神的情況下，一個謊言能流傳上千年。但也有嚴謹?shù)膶W(xué)者能夠獨立思考，對此說提出質(zhì)疑。梁朝阮孝緒撰《七錄》始記有《神農(nóng)本草經(jīng)》這本書，計有三卷。是書云：“世謂神農(nóng)嘗藥。黃帝以前，文字不傳，以識相付，至桐雷乃載篇冊。然所載郡縣多漢時，疑張仲景、華陀竄記其語。”

宋代王應(yīng)麟也對神農(nóng)著書說提出質(zhì)疑，其在《困學(xué)紀聞》云：“今詳神農(nóng)作本草，非也。三五之世，樸略之風，史氏不繁，紀錄無見，斯實后世醫(yī)工知草木之性，托名炎帝耳。”宋代葉夢得《書傳》云：“《神農(nóng)本草》但三卷，所載甚略，初議者與其記出產(chǎn)郡名，以為東漢人所作。”清代姚恒《古今偽書考》云：“漢志無本草，按《漢書·平帝紀》，詔天下舉知方術(shù)本草者。書中有后漢郡縣地名，以為東漢人作也。”陳叔方在其所著《穎川語錄》中寫到《神農(nóng)本草經(jīng)》當中使用的某些藥名有故意做雅的痕跡。比如，把“黃精”寫成“黃獨”，“山芋”寫成“玉延”，“蓮”寫成“藕實”，“荷”寫成“水芝”，“芋”寫成“土芝”，“螃蟹”寫成“擁劍”。這種華而不實的故意做雅，是東漢學(xué)風的典型表現(xiàn)。早在西漢《淮南子·修務(wù)訓(xùn)》中就有：“世俗之人，多尊古而賤今，故為道者，必托于神農(nóng)、黃帝，而后始入說。”一語道破當時的風氣。

那《神農(nóng)本草經(jīng)》的作者是誰呢，通觀全書，可以得出此書和《內(nèi)經(jīng)》一樣并非出于一時一人之手，經(jīng)歷了較長時間的補充和完善。最后的成書時間不會早于東漢。