明代，薛己的《內(nèi)科摘要》是首先用“內(nèi)科”命名的著作，王綸在《明醫(yī)雜著》中指出：外感法仲景，內(nèi)傷法東垣，熱病用完素，雜病用丹溪。反映當時內(nèi)科的學術理論已成體系。明清時期，內(nèi)科的重要著作有《醫(yī)學綱目》《雜病證治準繩》《癥因脈治》《醫(yī)宗必讀》《張氏醫(yī)通》《雜病源流犀燭》《古今圖書集成醫(yī)部全錄·諸疾》《醫(yī)宗金鑒，雜病心法》、《臨證指南醫(yī)案》等，這些著作作為中醫(yī)內(nèi)科學已初具規(guī)模，它們在體例上將疾病分門別類，在內(nèi)容上多數(shù)含有疾病的概念、病因病機、辨證論治、治療方藥和醫(yī)案等。

　　明清時期，雜病和外感病的理論有很大的發(fā)展。雜病方面，《景岳全書，雜證謨》主張“人體虛多實少”，慎用寒涼攻伐；趙獻可強調(diào)命門之火；葉天土有“久病人絡”之論醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理。這一時期的專病論著明顯增多，如《慎柔五書》《理虛元鑒》《瘧論疏》《血證論》《中風論》等，對中醫(yī)內(nèi)科學的形成均起到了很大的促進作用。尤其溫病學家的成就，如葉天士的《外感溫熱篇》首創(chuàng)衛(wèi)氣營血辨證，成為后世診治溫病的準繩；薛生白的《濕熱病篇》對濕熱病證的發(fā)揮，充實了溫病學說的內(nèi)容；吳鞠通的《溫病條辨》提出三焦辨證，完善了內(nèi)科熱病學術體系。

　　這一時期，理論上已不限于一家之言，而是博采歷代眾家之長，結(jié)合自己的經(jīng)驗加以發(fā)揮，創(chuàng)造性地建立并完善了熱病和雜病的證治體系，使中醫(yī)內(nèi)科學術理論更臻成熟與完備。