產(chǎn)生滅活酶：細菌產(chǎn)生滅活的抗菌藥物酶使抗菌藥物失活是耐藥性產(chǎn)生的最重要機制之一，使抗菌藥物作用于細菌之前即被酶破壞而失去抗菌作用。這些滅活酶可由質(zhì)粒和染色體基因表達。β-內(nèi)酰胺酶：由染色體或質(zhì)粒介導(dǎo)。對β-內(nèi)酰胺類抗生素耐藥，使β-內(nèi)酰胺環(huán)裂解而使該抗生素喪失抗菌作用。β-內(nèi)酰胺酶的類型隨著新抗生素在臨床的應(yīng)用迅速增長，詳細機制見β-內(nèi)酰胺類抗生素章。氨基苷類抗生素鈍化酶：細菌在接觸到氨基苷類抗生素后產(chǎn)生鈍化酶使后者失去抗菌作用，常見的氨基苷類鈍化酶有乙?；浮⑾佘栈负土姿峄?，這些酶的基因經(jīng)質(zhì)粒介導(dǎo)合成，可以將乙酰基、腺苷?；土柞；B接到氨基苷類的氨基或羥基上，是氨基甘類的結(jié)構(gòu)改變而失去抗菌活性；其他酶類：細菌可產(chǎn)生氯霉素乙酰轉(zhuǎn)移酶滅活氯霉素；產(chǎn)生酯酶滅活大環(huán)內(nèi)酯類抗生素；金黃色葡糖球菌產(chǎn)生核苷轉(zhuǎn)移酶滅活林可霉素。

抗菌藥物作用靶位改變：由于改變了細胞內(nèi)膜上與抗生素結(jié)合部位的靶蛋白，降低與抗生素的親和力，使抗生素不能與其結(jié)合，導(dǎo)致抗菌的失敗。如肺炎鏈球菌對青霉素的高度耐藥就是通過此機制產(chǎn)生的；細菌與抗生素接觸之后產(chǎn)生一種新的原來敏感菌沒有的靶蛋白，使抗生素不能與新的靶蛋白結(jié)合，產(chǎn)生高度耐藥。如耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）比敏感的金黃色葡萄球菌的青霉素結(jié)合蛋白組成多個青霉素結(jié)合蛋白2a（PBP2a）；靶蛋白數(shù)量的增加，即使藥物存在時仍有足夠量的靶蛋白可以維持細菌的正常功能和形態(tài)，導(dǎo)致細菌繼續(xù)生長、繁殖，從而對抗抗菌藥物產(chǎn)生耐藥。如腸球菌對β-內(nèi)酰胺類的耐藥性是既產(chǎn)生β-內(nèi)酰胺酶又增加青霉素結(jié)合蛋白的量，同時降低青霉素結(jié)合與抗生素的親和力，形成多重耐藥機制。

改變細菌外膜通透性：很多光譜抗菌藥都對銅綠假單胞菌無效或作用很弱，主要是抗菌藥物不能進入銅綠假單胞菌菌體內(nèi)，故產(chǎn)生天然耐藥。細菌接觸抗生素后，可以通過改變通道蛋白（porin）性質(zhì)和數(shù)量來降低細菌的膜通透性而產(chǎn)生獲得性耐藥性。正常情況下細菌外膜的通道蛋白以O(shè)mpF和OmpC組成非特異性跨膜通道，允許抗生素等藥物分子進入菌體，當細菌多次接觸抗生素后，菌株發(fā)生突變，產(chǎn)生OmpF蛋白的結(jié)構(gòu)基因失活而發(fā)生障礙，引起OmpF通道蛋白丟失，導(dǎo)致β-內(nèi)酰胺類、喹諾酮類等藥物進入菌體內(nèi)減少。在銅綠假單胞菌還存在特異的OprD蛋白通道，該通道暈粗亞胺培南通過進入菌體，而當該蛋白通道丟失時，同樣產(chǎn)生特異性耐藥。

影響主動流出系統(tǒng)：某些細菌能將進入菌體的藥物泵出體外，這種泵因需能量，故稱主動流出系統(tǒng)（active efflux system）。由于這種主動流出系統(tǒng)的存在及它對抗菌藥物選擇性的特點，使大腸埃希菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、銅綠假單胞菌、空腸彎曲桿菌對四環(huán)素、氟喹諾酮類、大環(huán)內(nèi)酯類、氯霉素、β-內(nèi)酰胺類產(chǎn)生多重耐藥。細菌的流出系統(tǒng)由蛋白質(zhì)組成，主要為膜蛋白。這些蛋白質(zhì)來源于4個家族：①ABC家族（ATP-binding cassettes transporters）;②MF家族（major facilitator superfamily）;③RND家族（resistance-nodulation-division family）;④SMR家族（staphylococcal mulitdrug resistance family）。流出系統(tǒng)有三個蛋白組成，即轉(zhuǎn)運子（efflux transporter）、附加蛋白（accessory protein）和外膜蛋白（outer membrane channel ），三者缺一不可，又稱三聯(lián)外排系統(tǒng)。外膜蛋白類似于通道蛋白，位于外膜（G-菌）或細胞壁（G+菌），是藥物被泵出細胞的外膜通道。附加蛋白位于轉(zhuǎn)運子與外膜蛋白之間，起橋梁作用，轉(zhuǎn)運子位于胞漿膜，它起著泵的作用。